قمنا بانشاء حاسبات Egy وهذه الحاسبات بتعتمد على اسلوب اداة DIYDodecad وهذا الاسلوب بيقوم بتحليل ملفات تحليل الاوتوسومال (Autosomal DNA) الخام التي توزع على المستخدمين من قبل الشركات التجارية كـ 23andMe و Family Tree DNA و Ancestry (في الاسفل صورة للملفات الخام التي توزع على المستخدمين من قبل الشركات المذكورة سابقا):
طريقة استخدام الاداة في Windows
للاسف ليس لدي نظام ويندوز حاليا لاني اعمل على نظام MacOS و Linux واغلب المستخدمين بيقومون باستخدام نظام Windows ولذلك بحثت عن شرح بالصور لنظام Windows و وجدت شرح وسوف اقوم بتوضيحة باستخدام الصور التي وجدتها في الشرح.
اولا عليك ان تحمل وتثبت برنامج R ثم ستقوم بانشاء فولدر وتقوم بتسمية هذا الفولدر التسمية التي تاتي في بالك ثم تضع ملفات الالة الحاسبة (ساقوم بنشر ملفات الالات الحاسبة في الاسفل) وتضع ملفك الخام الذي استلمته من الشركة التجارية في هذا الفلولدر ثم تقوم بتغيير دليل برنامج R الى موقع الفولدر الذي قمت بانشائه كما يظهر في الصورة التالية:
ثانيا تقوم باستدعاء المصدر عن طريق كتابة "source('standardize.r')" وهذا الملف المسمى "standardize.r" سوف تجده من ضمن ملفات الالة الحاسبة:
ثالثا الان عليك ان تقوم بتحويل ملفك الخام الى تنسيق قابل للاستخدام في اداة DIYDodecad وهذا بيحدث بكتابة هذا النص "standardize('MyRawFile.txt', company='23andMe')" وهذا النص بيقوم بتحويل ملفك الخام الى تنسيق قابل للاستخدام اذا كان ملفك الخام بتنسيق شركة 23andMe صاحب امتداد txt. اما اذا كان ملفك الخام بتنسيق شركة Family Tree DNA فيجب عليك استخدام هذا النص "standardize('MyRawFile.csv', company='ftdna')" وهذا النص بيقوم بتحول ملفك صاحب امتداد csv. الى ملف قابل للاستخدام في الاداة (ملحوظة: تنسيق شركة Ancestry هو نفسه تنسيق شركة 23andMe):
رابعا الان انت جاهز لتشغيل الحاسبة لتلقي النتائج وما عليك فعله الان هو كتابة "system('DIYDodecadWin K3.par')" وملف K3.par هذا سوف تجده في فولدر الالة الحاسبة التي اخترتها ولكن عليك ان تعرف ان مسمى الملف بيتغير بتغير الحاسبة ولكن في النهاية يجب ان يكون المتداد هذا الملف par.:
خامسا هذه هي نتائجك او محتواك الجيني ولكن ضع في اعتبارك ان النتائج بتختلف بحسب الالة الحاسبة المستخدمة:
طريقة استخدام الاداة في Linux
طالما انك مستخدم لنظام لينكس فبالتاكيد انت تعرف كيف تحمل برنامج R لنظام لينكس وايضا تعرف كيف توجه دليل البرنامج لفولدر العمل.
اولا قمت انا بتحميل حاسبة K3 ثم قمت بفك الضغط عن الملف واصبح فولدر بهذا الشكل:
ثانيا قمت بوضع الملف الخام المسمى "user_23andMe.txt" في الفولدر ثم قمت بتوجيه برنامج R الى الفولدر ثم قمت باستدعاء المصدر عن طريق كتابة "source('standardize.r')":
ثالثا قمت بتحويل ملفي الخام الى تنسيق قابل للاستخدام في اداة DIYDodecad بكتابة هذا النص "standardize('user_23andMe.txt', company='23andMe')" وللعم بعد كتابة هذا النص سوف تجد ملف جديد في الفولدر يسمى "genotype.txt":
رابعا قمت بكتابة "system('DIYDodecadWin K3.par')" لتشغيل الحاسبة على ملفي الخام وهذه هي النتائج او الخليط الجيني الذي بيحملوا صاحب الملف الخام:
الالات الحاسبة
بشكل مبدئي قمنا بانشاء ثلاث حاسبات الاولى K3 والثانية K5 والثالثة K6 وهذه الحاسبات سوف تعطيك نسب الخليط بشكل قاري فعلى سبيل المثال حاسبة K3 سوف تعطيك نسب الخليط بحسب ثلاث مكونات جينية وهي European & African & Asian اما حاسبة K5 فسوف تعطيك نسب الخليط بحسب خمس مكونات جينية وهي Near_East & Amerindian & East_Asian & African & Baltic_Sea اما حاسبة K6 فهي لا تختلف عن K5 الا في وجود مكون اضافي اسميته Oceanian وهذا المكون خاص بسكان استراليا الاصليين.
اخيرا هذا الرابط (هنا) سوف تجد به الحاسبات التي تشمل ملفات اداة DIYDodecad وسوف تجد ايضا ملف في كل حاسبة يسمى "Spreadsheet" وهذا الملف يوجد به بيانات السكان المستخدمين.
